Prostate Cancer Panel FFPE Reference Standard

このRevvity Mimix標準サンプルは、Prostate Cancer Panel cfDNA Reference Standard（HD836）のFFPEバージョンです。本製品は患者試料を模倣しており、前立腺がん特異的変異を検査するために設計された分子生物学的アッセイの、全行程のバリデーションに使用することができます。

Prostate Cancer Panel FFPE Reference Standardは、ISO:13485に準拠して製造された、前立腺がんに臨床的に関連する9遺伝子の16のバリアントを含む、十分に特徴付けられた細胞株由来の精度管理試料です。この革新的なmultigene &multiplex製品により、検査室ははFFPEサンプルを用いた前立腺がんアッセイのバリデーションを迅速かつ信頼性高く、費用対効果の高い方法で実施することができます。さらに、ルーチンの臨床診断に不可欠なFFPEベースのアッセイの性能を評価することができます。他のRevvity Mimix標準サンプルと同様に、診断ワークフローで使用される患者試料を忠実に模倣しています。

バッチ固有の補足的NGSデータ

Prostate Cancer Panel FFPE Reference Standardには、バッチ固有の補足NGSデータが付属しています。VCF ファイルはこちらからアクセスできます。各バッチは、Agilent社のCREV4（Clinical Research Exome）キットを使用し、Illumina社のプラットフォーム上で250 xの深度でシーケンスされ、Illumina社DRAGEN Somatic Pipelineでマッピング、ソート、バリアントコールが行われています。

 

Technical Data

Format: FFPE

Fixation Method: 4% PFA (w/v)

Section Size: 15µm

Cell Density: 3 x 108 cells per block. Approx. 3.5  x 105 cells per section

Expected DNA Yield: 400 ng using Promega Maxwell RSC FFPE Plus DNA Extraction kit

Genes covered: AR, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, PIK3CA, PTEN, RB1, STK11, TP53

Allelic Frequencies: 2.50- 11.00%

Verified Mutations: 

Gene DNA sequence
change		 Amino acid change Expected
allelic frequency (%)
AR c.2623C>T p.H875Y 2.50
AR c.2632A>G p.T878A 2.50
BRCA1 c.5329dup p.Q1777Pfs*74 6.50
BRCA2 c.9924C>G p.Y3308* 6.00
CDKN2A c.250G>T p.D84Y 7.00
PIK3CA c.1637A>G p.Q546R 6.00
PIK3CA c.1624G>A p.E542K 8.00
PTEN c.17_18del p.K6Rfs*4 4.00
RB1 c.2143A>T p.K715* 7.00
STK11 c.532_536del p.K178fs*86 10.00
TP53 c.992A>G p.Q331R 7.00
TP53 c.742C>T p.R248W 11.00
TP53 c.668C>T p.P223L 4.00
TP53 c.820G>T p.V274F 8.00
TP53 c.414del p.K139Rfs*31 8.00
AR CNV-Gain N/A 5.00 copies

 

General information

Storage:  4°C

Shipping:  Ambient

Expiration:  See all product shelf life information

Intended use:  For assay developers, molecular diagnostic labs (Research use only)

 

Quality control

Allelic frequency:  Droplet Digital™ PCR

Quantification:  Quantifluor

DNA Integrity:  Agarose gel electrophoresis

Manufacturing Quality:  ISO 9001:2015 and ISO 13485:2016