TRIPZ Inducible Lentiviral shRNライブラリー
TRIPZ Inducible Lentiviral shRNAを使用して、必須遺伝子の機能の研究、細胞の表現型の検証し、調節可能なノックダウン細胞株の作製が可能です。
96ウェルプレートにアレイ化されたゲノムスケールのTRIPZ Inducible Lentiviral shRNAライブラリー
TRIPZ Inducible Lentiviral shRNAを使用して、必須遺伝子の機能の研究、細胞の表現型の検証し、調節可能なノックダウン細胞株の作製が可能です。
TRIPZ Lentiviral shRNAは、Dr. Greg Hannon(CSHL)およびDr. Steve Elledge(Harvard)と共同で開発されました。このライブラリーは、microRNAに適応したshRNAの設計上の利点とTRIPZレンチウイルス誘導ベクターを組み合わせて、ほとんどの細胞タイプで遺伝子サイレンシングできる強力なRNAiトリガーを作成します。このベクターはTet-On®になるように設計されており、ドキシサイクリンの存在下で厳密に制御されたshRNA発現を誘導します。
TRIPZ Inducible Lentiviral shRNAライブラリーは、8%グリセロール、カルベニシリン(100μg/mL)、およびゼオシン(25μg/mL)を含む低塩(low salt: LB)ブロス中の大腸菌の凍結保存培養物を含む96ウェルマイクロタイタープレートで提供されます。shRNAライブラリーは、ドライアイスで冷凍して出荷されます。出荷前にすべての培養物の成長をチェックします。
事前に設計されたTRIPZshRNAコレクションは、ドキシサイクリンの存在下でのshRNAの発現用に構成されています(Tet-On構成)。ただし、ドキシサイクリンの非存在下で発現が起こるように構築物を変更することは可能です(Tet-Off構成)。pTRIPZベクターは、Cre-loxP部位特異的組換えまたは標準的な制限消化により、Tet-Off構成に簡単に変換できます。rtTA3は、Creリコンビナーゼへの曝露によるrtTA3のin vitroまたはin vivo切除を可能にするloxP部位に隣接しています。rtTA3には、1対のBamHI制限部位が隣接しているため、ベクターを簡単に切断およびライゲーションしてrtTA3を除去できます。rtTA3が存在しない場合、テトラサイクリントランスアクチベーター(tTA)をシステムに外部から追加して、Tet-Off®として機能させることができます。ここで、ドキシサイクリンの非存在下で、shRNAとTurboRFPの発現が交互に誘導されます。
GIPZ Lentiviral shRNAおよびTRIPZ Inducible Lentiviral shRNAは、InvitrogenのViraPowerなどの第3世代パッケージングシステムと適合性がないことに注意してください。GIPZおよびTRIPZ shRNAの形質導入用のレンチウイルス粒子を生成するには、Trans-Lentiviral Packaging Systemをお勧めします。
pTRIPZレンチウイルスベクター
Figure 1 |ドキシサイクリンによる誘導後に達成された高レベルのノックダウン
ドキシサイクリンによるノックダウン
Figure 2 |ドキシサイクリンによる誘導後に達成された高レベルのノックダウン。QPCRによって決定されたnon-silencingコントロールと比較した、HEK293T細胞における示された標的遺伝子のノックダウン。各バーは、18S rRNAを内部参照として使用してQPCRを3回実行した一方で、実験の重複を表します。HEK293T細胞はMOI = 0.3で導入され、ピューロマイシン(5μg/mL)による選択を行い、ドキシサイクリンで誘導されました(1μ/mL)。
ドキシサイクリンの非存在下でshRNA発現は漏れない
Figure 3 |培地中の残留テトラサイクリンは、漏れやすい発現にはならない。pTRIPZベクターは、ドキシサイリンの非存在下(残留テトラサイクリンを含む培地または特別なテトラサイクリンを含まない培地のいずれか)で有意なノックダウンを生成できるレベルでGAPDHに対するshRNAを発現しません。
各バーは4つの組織培養のレプリケートを表し、すべて3連でQPCRを行い、それぞれ合計12のデータポイントになります。統計分析を行ったところ、non-silencingサンプルとGAPDH shRNAサンプルの間に統計的に有意な差は見られませんでした。MOI = 5での形質導入をHEK293T細胞で行い、その後細胞を2 µg/mLピューロマイシンで96時間選択しました。
合理的に設計されたshRNAの利点と選択可能なプロモーターおよびレポーターの柔軟性、さらにTet-On 3Gテトラサイクリン誘導発現システムを組み合わせ、厳格な発現調節によるshRNAの機能スクリーニングを実行します。