- CRISPR interference reagents
- CRISPRi化学合成sgRNA non-targetingコントロール
CRISPRmod CRISPRi化学合成sgRNA non-targetingコントロール
遺伝子転写抑制実験の評価のための検証済みの化学合成CRISPRiプールフォーマットまたは個別のsgRNA

CRISPRi化学合成sgRNA non-targetingコントロールは、CRISPRi sgRNAを使用した遺伝子転写抑制実験のネガティブコントロールとして使用するために設計され、推奨されています。これらのnon-targetingコントロールは、dCas9-SALL1-SDS3複合体と会合しますが、ヒトゲノム内のPAM隣接部位を標的としません。ネガティブコントロールで処理された細胞で観察された遺伝子発現レベルまたは生存率の変化は、ターゲット固有のCRISPRi化学合成sgRNAで処理された細胞と比較するためのdCas9-SALL1-SDS3複合体に対する細胞のベースライン応答として使用できます。
Highlights
- ヒトゲノム内の潜在的なターゲット配列に対して少なくとも3つのミスマッチまたはギャップを検証するために使用される独自のアラインメントツールを採用
- 実験に使用するsgRNA試薬フォーマットに一致するプールフォーマットまたは個別sgRNAコントロールを選択できます。
- 遺伝子発現のベースラインレベルを確立するために使用します。
non-targetingコントロールに加えて、CRISPRi化学合成ポジティブコントロールを使用して、効率的な遺伝子転写抑制のための実験条件を最適化することをお勧めします。
CRISPRi non-targetingコントロールは、ベースライン発現レベルを確立するために使用される
Pooling synthetic sgRNA enhances CRISPRi activity
個別のCRISPRmod CRISPRi sgRNAは、独立して強力な標的遺伝子抑制を達成しますが、プールすると、抑制レベルの向上を示します。dCas9-SALL1-SDS3を安定して発現するU2OS細胞を10,000細胞/ウェルでプレーティングし、DharmaFECT4トランスフェクション試薬を使用して、BRCA1、PSMD7、SEL1L、またはST3GAL4を標的とする化学合成sgRNAをトランスフェクトしました。デザイン済みsgRNAは、個別に使用、またはプールフォーマットを使用しました(合計濃度:25 nM)。トランスフェクションの72時間後に細胞を回収し、全RNAを単離し、RT-qPCRを使用して相対的な遺伝子発現を測定しました。各遺伝子の相対的発現は、ハウスキーピング遺伝子としてGAPDHを用いた∆∆ Cq法で計算し、non-targetingコントロール(NTC)に対して正規化しました。