siRNA To pool or not to pool

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siRNA: To pool, or not to pool?

siRNAを個別で使用するかプール使用するかを決定する際に考慮すべき要素は？

実験の柔軟性を最大限に高めるために、Dharmaconは個別のsiRNA（1種類のsiRNA）とプールされたsiRNA（単一の遺伝子を標的とする4つの異なるsiRNAの混合物）の2種類の試薬を提供しています。これは何を意味し、siRNAの個別とプールのどちらを使用するか決定を下す際に考慮すべき要素は何でしょうか？

Dharmaconの戦略は、高度に検証された合理的な設計アルゴリズムを使用して、すべてのヒト、マウス、およびラットの遺伝子に対して4つの個別のsiRNAを設計することです。SMARTpool siRNA試薬は、1本のチューブで提供されるこれら4つのsiRNAの混合物です。複数の個別のsiRNAを使用するか、単一のSMARTpool試薬を使用するかを決定するときは、次のいくつかの点を考慮して、実験の目的に最適なフォーマットを決定してください。

全ての転写産物 vs. 転写産物特異的ノックダウン

SMARTpool試薬は、RefSeqデータベースに記録されている単一の遺伝子に関連するほぼ全ての転写産物/スプライスバリアントをターゲットにするように設計されています（ターゲットとなる実際の転写産物はウェブサイトの各製品ページに記載）。したがって、スプライスバリアントから生じるアイソフォームはすべて、ノックダウンをより確実にするために、その遺伝子のSMARTpoolのターゲットになります。さらに、SMARTpoolの4つの配列は、UTRとORFの両方を含む、転写産物内の複数の領域をターゲットとし、非常に完全なノックダウンを実現します。単一のバリアントまたは特定の領域をターゲットにする必要がある場合は（レスキュー実験の設計時や特定のアイソフォームの機能研究の場合など）、非常に特殊な設計要件があるため、個別のsiRNA配列を使用することをお勧めします。

大規模RNAiスクリ―ニング

SMARTpool siRNA試薬を使用する主な利点は、オフターゲット効果の低減です。さらに、SMARTpoolのノックダウン効率は、通常、プール内で最も機能的なsiRNA設計の効率を反映しています。これらの利点を組み合わせることで、研究者は遺伝子ごとに1つのチューブの試薬を使用できます。これは、スクリーニング目的でsiRNAを使用する場合に特に有利です。なぜなら、遺伝子ごとに複数の個別のsiRNAを使用したスクリーニングと比較して、必要なアッセイ試薬と消耗品の量を減らしながら、偽陽性と偽陰性を（それぞれ）少なくすることができるためです。さらなる研究では、Parsons et al.に詳述されているように、プールフォーマットによるsiRNAスクリーニングは、表現型の浸透度の増加および機能喪失の表現型を確認する能力にも有利である可能性があることも示唆されています（文献1）。さらに、SMARTpoolに含まれる4つのsiRNAは、初期スクリーニング後に、表現型の独立した確認のために個別に使用でき、複数の独立したsiRNAによるヒット確認というベストプラクティスを実現することもできます。

in vitro vs. in vivoアッセイ

Dharmaconのデザイン済みSMARTpool siRNA試薬は、4つのデザイン済みsiRNAの力を1つのチューブに組み合わせ、in vitro実験をする研究者が1つの試薬を使用して確実なサイレンシングを実現できるようにします。しかしながら、in vivoの実験では通常、カスタム合成でしか達成できない量と精製レベルが必要です。このため、多くの研究者は、複数の個別のsiRNAを用いたin vitroでの予備実験で最も効果的なsiRNA配列を選択してから、その個別のsiRNAを用いてより貴重な動物モデル実験を進めることが、最も経済的に実現可能であると考えます。in vivo実験の重要な考慮事項の詳細については、テクニカルノート「in vivo RNAi: Biodistribution, Delivery, and Applications」を参照してください。