RNA干渉（RNAi: RNA interference）テクノロジーを使用した機能ゲノミクス研究の成功は、siRNA試薬の非特異的効果によって制約を受ける場合があります。 Dharmacon™のON-TARGETplus™siRNA試薬は、オフターゲット効果を最小限に抑えてターゲット遺伝子をノックダウンするようにデザインされています。遺伝子ノックダウン実験で本試薬を使用すると、オンターゲット遺伝子ノックダウンを維持したまま、オフターゲット効果に起因する表現型の出現を減らすことができます。
遺伝子発現をノックダウンするためのsmall interfering RNAs（siRNA）の使用は、科学研究の多くの分野で非常に貴重なツールになっています。ただし、このテクノロジーを使用した実験は、オフターゲット効果によって複雑になる可能性があり、偽陽性として測定されてしまう表現型として現れます。これらの非特異的な影響を予測および分析することは困難であり、実験データの解釈を混乱させる可能性があります。
Dharmaconの科学者はこの問題を認識しており、オフターゲット効果に関連するエビデンスを広範囲にレビューしました。siRNA効果の特異性を改善することが証明されている3つの戦略が判っています。これらの3つの戦略は、Dharmacon ON-TARGETplus siRNA試薬に組み込まれており、機能喪失アッセイでよりクリーンな実験結果を保証します。
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プールsiRNA
低濃度のsiRNAを使用すると、オフターゲット効果が減少します。しかしながら、濃度を下げると、通常、標的遺伝子のノックダウン効率が低下します。 Dharmaconはシンプルなソリューションを提供します。SMARTpool siRNA試薬は、SMARTselectionで設計された、同じ遺伝子をターゲットとする4つの高機能siRNAをプールしています。SMARTpool siRNAを使用すれば、ターゲット固有のノックダウンを犠牲にすることなく、オフターゲットプロファイルが大幅に減少します。 -
siRNAを化学的に修飾する
Dharmaconの科学者たちは、オフターゲット活性の80％を排除する独自の修飾の組み合わせを特定しました。これらの化学修飾は、オンターゲットノックダウンを維持しながら、センス鎖とアンチセンス鎖の両方に起因するオフターゲット効果を低減します。 -
デザインフィルターを適用する
複数の3'UTRシードマッチの存在など、あるsiRNAデザイン機能は、遺伝子がオフターゲットになる可能性に関連付けられています。siRNA結合の特異性に影響を与えることが知られている特徴の理解を組み込んだ新しい合理的デザインフィルターの使用により、DharmaconはsiRNA試薬を最適化することができました。
ON-TARGETplus siRNA試薬は、プール戦略、化学修飾、およびデザインフィルターを使用して開発されており、オンターゲット遺伝子ノックダウンを維持したまま、非修飾siRNAと比較してオフターゲット活性を低減します。
機能ゲノミクス研究でON-TARGETplus siRNA試薬を使用することにより、意図しない遺伝子調節を避け、信頼のあるRNAi特異性を持つ実験を行えます。
DharmaconのsiRNA試薬の詳細については、お問い合わせください。
Christian Nievera, Ph.D., Product Manager
Christian is the Senior Product Manager for RNAi and functional genomics screening libraries at Horizon Discovery. He has over a decade of experience in the life science industry managing varied portfolios including: antibodies, siRNA, gene editing tools, and PCR reagents. Christian collaborates with research teams to develop and bring novel functional genomics tools to market. Christian earned his Ph.D. in Biological Sciences from Florida Tech.