RNA干渉(RNAi)とCRISPRi:信頼性の高いデータセットが得られるオンターゲットノックダウン



オフターゲット効果の存在は、実験データの解釈を非常に複雑にする場合があります。Dharmacon™ ON-TARGETplus™ siRNAおよびCRISPRmod CRISPRiシステムは、オフターゲット効果を最小限に抑えて標的遺伝子をノックダウンするように設計されており、直交検証戦略のための強力なツールであり、特異性の高いリードアウトが得られます。

細胞への不自然な成分の導入によって引き起こされるオフターゲット効果は広く認識されています。ただし、それらは最小限に抑えることができ、真の表現型と区別するためのさまざまな戦略があります。

RNAiは、単一試薬を用いたアッセイからライブラリーによるスクリーニングまで幅広く使用されています。RNAi試薬は、何十年にもわたって私たちによって広範囲に特徴付けられ、最適化されてきました。先ごろ、Dharmacon製品ファミリーに、ゲノムDNAの特定の位置を標的とし、DNAを切断することなく転写をブロックする新しい試薬、CRISPRmod CRISPRi試薬が加わりました。これにより、mRNA発現レベルを制御して翻訳を抑制するRNAi試薬に加えて、標的遺伝子の転写をDNAレベルで特異的に抑制する新たな戦略が可能になりました。

私達は、複数の細胞発現の機構に関する直交検証戦略を推奨しています。特異的な遺伝子ノックダウン方法を組み合わせて使用すると、より深いヒット検証が可能となります。

両方の技術の特異性を検討するために、USOS細胞のSEL1遺伝子を標的とし、新規のCRISPRmod CRISPRiおよびON-TARGETplus siRNA試薬を比較したオフターゲットシグネチャ遺伝子発現分析を実行しました。SEL1遺伝子をノックダウンした際の遺伝子発現レベル(log2 TPM、Transcripts Per Million)を測定し、non-targetingコントロールをトランスフェクションした際の発現レベルと比較しました。

両方の技術における作用機序の違いにもかかわらず、当社のCRISPRiおよびRNAi試薬の測定値は、両方の遺伝子発現シグネチャにおけるピアソンの相関係数に示されるように、非常に特異的であることが判明しました(Figure 1)。

Gene expression levels data
Figure 1: CRISPRi および siRNA 実験の遺伝子発現データ
SEL1L遺伝子を標的とする3 つのガイド RNA のプールまたは 4 つの siRNA のプールのトランスフェクションから 48 時間後の、dCas9-SALL1-SDS3 を安定して発現する U2OS 細胞 (左) またはU2OS 細胞 (右) における遺伝子発現レベル (log2TPM、Transcripts Per Million) (y 軸) と、non-targetingガイド RNA またはnon-targeting siRNA のみをトランスフェクトした細胞での発現 (x 軸) と比較しました。R はピアソンの相関係数であり、SEL1L を除くすべての遺伝子の対数変換値 (TPM+1) に対して計算されます。調整された p 値 < 0.05 および絶対 log2 倍変化 >2 で上方制御または下方制御された遺伝子は、それぞれ赤と青で示しました。差次的発現解析 (DESeq) は、dCas9-SALL1-SDS3 CRISPRi システムと ON-TARGETplus siRNA の両方で最小限のオフターゲット遺伝子ノックダウンを示しています。標的遺伝子の 10,000 kb 以内、および最大 4 つのミスマッチのオフターゲット ガイド RNA アラインメントの 1 kb 以内のゲノム配列を調べると、観察された発現差は、ガイド RNA の近傍効果または非特異的結合では説明できないことが示されました。

これに基づいて、両方の方法が直交検証ステップにも使用できることを示唆するコンパニオンDNA損傷応答アッセイを実行しました。Replication protein A(RPA)は、RPA1、RPA2、およびRPA3サブユニットで構成され、一本鎖DNAに対して高い結合親和性を持ち、DNA損傷応答における重要な調節機能を果たしていることが示されています1, 2(Figure 2)。

DNA damage response pathway
Figure 2:DNA損傷応答経路
二本鎖切断は、DNA損傷薬剤の結果として、または代謝、組み換え、転位などのさまざまな細胞プロセスの結果として自然に発生します。二本鎖切断は、DNA複製フォークが失速したり、テンプレートDNAのニックに近づいたりしたときにも発生します。二本鎖切断を取り囲むH2AX(コアヒストン複合体の構成要素)は急速にリン酸化され、DNA修復、細胞周期停止、アポトーシスなど、DNA損傷シグナル伝達ネットワークを介して一連の応答を誘導します。RPA複合体は、DNA複製と相同組換え修復構造の両方で一本鎖DNAに結合します。RPAノックダウンは、複製フォークを不安定化し、相同組換え修復を阻害します。その結果、二本鎖切断が蓄積し、H2AX1がリン酸化されます。

予想どおり、RPA1とRPA2のノックダウンは、リン酸化H2AXレベル(γ-h2AX)の増加を介して監視できる、修復されていない二本鎖DNA切断の蓄積をもたらしました。両方の遺伝子発現調節ツールは、それぞれの野生型コントロールで比較を行い、確認結果を示しました(Figure 3)。

DNA Damage Response Assay
Figure 3:DNA損傷応答アッセイ
二本鎖切断を取り囲むH2AX(コアヒストン複合体の構成要素)は急速にリン酸化され、DNA損傷シグナル伝達ネットワークを介して一連の応答を誘導します。DNA損傷経路にとって重要なタンパク質のノックダウンは、修復されていない二本鎖DNA切断の蓄積とリン酸化H2AX(γ-h2AX)の増加をもたらします。RNAiスクリーニングからのヒットは、CRISPRmod CRISPRi試薬を使用して直交的に検証されました。hEF1αプロモーター下でdCas9-SALL1-SDS3を構成的に発現するU2OS細胞に、DharmaFECT 4トランスフェクション試薬を使用して、RPA2、RPA1、またはRRM2をターゲットとするプール化したsgRNA(50nM)またはON-TARGETplus SMARTpool(50nM)プールフォーマットをトランスフェクトしました。トランスフェクションの72時間後、細胞を固定し、抗phospho-H2AX抗体で染色し、Hoechst染色を使用して核を特定しました。DNA損傷応答アッセイは、Phospho-H2AX(Ser139)細胞キット(Rrevvity、カタログ番号:64H2XPEH)を使用して実施しました。複製プレートを回収し、全RNAを分離し、相対遺伝子発現をRT-qPCRを使用して測定しました。各標的遺伝子の相対発現は、ハウスキーピング遺伝子としてGAPDHを使用してΔΔCq法で計算し、non-targetingコントロール(NTC)に対して正規化しました。

これらの結果は、標的遺伝子に対するDNA転写(CRISPRi)とmRNA翻訳(RNAi)の抑制による両方の遺伝子発現調節技術の特異性を裏付けています。最終的に、機能性タンパク質の発現は複数の角度からダウンレギュレートされ、信頼性の高いデータセットにつながります。
当社は、世界中で使用されているRNAi試薬に加えて、新しいCRISPRi試薬を幅広く提供しています。Horizonのテクニカルサポートは、ゲノム編集および遺伝子発現調節技術をサポートする訓練を受けたサイエンティストで構成されるチームです。プロジェクトについて、ぜひご相談ください。

 
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Written by Jan Korte, Ph.D. , Scientific Support Specialist 2 
Jan has been part of the Scientific Support team since 2017. He is driven by good scientific practice, and energized to see strong data sets supported by a broad spectrum of orthogonal validation strategies. Fascinated by Horizon´s Dharmacon™ RNAi and CRISPR gene editing reagents, as well as the recently developed CRISPRmod family of gene modulation tools (CRISPRa and CRISPRi), he enjoys guiding customers in the combined usage of these different techniques.  Outside of his scientific pursuits, Jan loves exploring new gravel bike tracks and having quality time with friends and family.