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CRISPRスクリーニング用ライブラリー
アルゴリズムで最適にデザインされたガイドRNAを用いることで、プール化またはアレイ化ライブラリーを用いたスクリーニングにおいて高い機能性と優れた特異性を実現します。化学合成sgRNAアレイ化ライブラリー、およびレンチウイルスsgRNAプール化ライブラリーをご用意しており、ハイスループットゲノム編集研究を実現します。
CRISPR-Cas9ゲノム編集用ガイドRNAの組み合わせ済み、またはカスタムライブラリーを用いて、遺伝子ファミリー全体または生物学的パスウェイをご研究ください。
偏りのない、強力な機能喪失スクリーニングが実現できます。Edit-R CRISPR-Cas9プラットフォームは、デザイン済みのready-to-useのガイドRNAで構成されています。多数の遺伝子にわたる複数のターゲットの迅速な評価を実現します。
Edit-R synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)ライブラリー
- Edit-R化学合成sgRNAライブラリーを用いて、初代細胞を含むすべての細胞タイプでCRISPR編集を簡素化します。
- シングルガイドRNA は、化学合成crRNAとtracrRNAと組み合わせて用いる場合より試薬分注を省力化します。
- 独自のEdit-R設計アルゴリズムを使用してターゲット部位における編集の成功を保証しています。
- 大規模なスクリーニングの実現が可能です。
Edit-R lentiviral sgRNAプール化スクリーニング用ライブラリー
- 数百、数千の遺伝子を標的とするアルゴリズム設計のレンチウイルス粒子を混合したプール化sgRNAライブラリーは特異性を保証します。高力価の濃縮レンチウイルス粒子としてお届けします。
- 遺伝子あたり5〜10個のsgRNAの使用により、ヒットの信頼性と包括的なゲノムスクリーニングの成功を向上させています。
- 各プールの400以上のポジティブおよびネガティブsgRNAコントロールを使用して、プール間およびプール内のデータの正規化が可能です。
- ヒットに対して信頼性と生物学的再現性のある高品質のスクリーニングを実行します。高い平均sgRNA fold representationを実現するために必要な十分量のレンチウイルス粒子を提供します。
CRISPR-Cas9スクリーニング用ライブラリー
化学合成ガイドRNA
- Edit-R synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)ライブラリー:複雑な細胞タイプのゲノム編集を実行します。遺伝子ファミリーから全ゲノムの組み合わせ済みアレイ化ライブラリーコレクションから選択するか、あるいはカスタムライブラリーを作成します。
- Cherry-pickライブラリー:ご研究の遺伝子標的のノックアウト研究に合わせて、デザイン済みのガイドRNAを選択し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
LentiviralガイドRNA
- Cherry-pick lentiviral sgRNAライブラリー:デザイン済みレンチウイルスsgRNAコンストラクトのグリセロールストックをプレートに分注してお届けするフレキシブルなカスタムライブラリーです。
- Edit-R プール化 lentiviral sgRNAライブラリー:ヒトおよびマウスの組み合わせ済みの遺伝子セットで、高力価のプール化スクリーニング用ライブラリーです。
- カスタム Edit-R プール化 lentiviral sgRNAライブラリー:ノックアウト研究に合わせて、デザイン済みのレンチウイルスsgRNAを選択し、高力価のプール化スクリーニング用ライブラリーをカスタマイズできます。
この表では、ご研究目的に合う適切なCRISPR-Cas9スクリーニングプラットフォームの選択をサポートします。
|
Lentiviral プール化 sgRNAライブラリー |
化学合成sgRNA/crRNAライブラリー |
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フォーマット |
sgRNA 発現用レンチウイルス粒子をチューブ内で混合した製品 |
マルチウェルプレートに分注された化学合成sgRNA/crRNA |
細胞へのデリバリー |
レンチウイルス形質導入 |
標準的なトランスフェクション試薬またはエレクトロポレーション |
サポートされているアッセイタイプ |
細胞集団におけるsgRNAの存在量に変化をもたらし、NGSによって評価できる表現型を調べることができる。増殖表現型(増殖または生存)またはセルソーティング(蛍光または細胞表面マーカー発現)を使用。 |
一遺伝子一ウェルのレイアウトにより、幅広い細胞表現型をハイコンテント分析、レポーターまたは酵素アッセイなどで調べることができる。特定の表現型の観察を可能にするのに十分な細胞集団の編集効率が必要。 |
スクリーニングのハンズオン時間 |
比較的短い:単一のディッシュで実行可能 |
遺伝子の数に応じてスケールアップ |
データ分析要件 |
次世代シーケンシングが必要。細胞集団におけるsgRNAとその存在量を特定する |
表現型を一遺伝子一ウェルに基づいて直接分析する。 |
ライブラリーにおいても特異性は確保されます。アルゴリズムで最適化したガイドRNAは、Edit-R crRNAおよびプール化sgRNAスクリーニング用ライブラリーで使用されています。
化学合成crRNA:tracrRNAによるPLK1およびKIF11ノックアウト時の有糸分裂指数の増加
U2OS-(Ubi)EGFP-Cas9安定発現細胞を、96ウェルフォーマットで5,000細胞/ウェルで播種しました。24時間後、細胞に、PLK1とKIF11を標的とする25 nM crRNA:tracrRNA複合体とnon-targetingコントロール(NTC)を0.2 µl/ウェルのDharmaFECT4を使用してトランスフェクトしました。4つの異なる遺伝子ターゲティングおよびNTCガイド配列が利用され、実験対照には、トランスフェクトされていない細胞(UT: untransfected cells)および脂質のみで処理された細胞を用意しました。トランスフェクションの48時間後に、表現型をIN Cell Analyzer 2200イメージングシステム(GE Healthcare)で分析しました。
上図:有糸分裂指数(MI: Mitotic Index)は、Phospho-Histone h6(Ph6)に陽性の細胞の割合として分析され、4つの陰性NTC crRNAの平均MIで正規化しました。
下図:代表的な蛍光顕微鏡写真(核:青色、Ph6:赤色)
アルゴリズムは、化学合成crRNAと発現sgRNAの両方に適用される
この実験では、PSMD11の異なる12箇所を標的とし、プロテアソームの破壊の確認のためにEGFPシグナルによって機能を測定しています。細胞にcrRNA:tracrRNAをトランスフェクトするか、同じデザインのsgRNAを発現させるレンチウイルス粒子を形質導入しました。同じゲノム部位を標的とする場合、2種類のガイドRNAフォーマットに有意差はありません。crRNAの優れたデザインは、sgRNAの優れたデザインににも等しく変換されます。
Edit-R lentiviral sgRNA arrayed libraries
Human sgRNA libraries - Arrayed glycerol stocks | # genes (approximate) | Catalog # |
---|---|---|
Human Edit-R - Druggable genome | 8061 | GSGH11761 |
Human Edit-R - Drug targets | 3814 | GSGH11848 |
Human Edit-R - G protein-coupled receptors | 382 | GSGH11763 |
Human Edit-R - Ion channels | 345 | GSGH11764 |
Human Edit-R - Phosphatases | 247 | GSGH11767 |
Human Edit-R - Proteases | 473 | GSGH11768 |
Human Edit-R - Protein kinases | 704 | GSGH11769 |
Human Edit-R - Transcription factors | 1505 | GSGH11855 |
Human Edit-R - Ubiquitin conjugation | 590 | GSGH11772 |
Edit-R crRNA libraries
Human crRNA libraries - Set of 4 | # genes (approximate) | Catalog # |
---|---|---|
Human Edit-R - Apoptosis | 446 | GC-003900-xx |
Human Edit-R - Cell cycle regulation | 169 | GC-003200-xx |
Human Edit-R- Cytokine receptors | 110 | GC-004000-xx |
Human Edit-R - Deubiquitinating enzymes | 98 | GC-004700-xx |
Human Edit-R - DNA damage response | 240 | GC-006000-xx |
Human Edit-R - Drug targets | 3686 | GC-004650-xx |
Human Edit-R - Druggable genome | 7995 | GC-004600-xx |
Human Edit-R - Epigenetics | 835 | GC-006100-xx |
Human Edit-R - G protein-coupled receptors | 384 | GC-003600-xx |
Human Edit-R - Genome | ~18,500 | GC-005000-xx |
Human Edit-R - Ion channels | 345 | GC-003800-xx |
Human Edit-R - Membrane trafficking | 140 | GC-005500-xx |
Human Edit-R- Nuclear receptors | 52 | GC-003400-xx |
Human Edit-R - Phosphatases | 247 | GC-003700-xx |
Human Edit-R - Proteases | 473 | GC-005100-xx |
Human Edit-R - Protein kinases | 703 | GC-003500-xx |
Human Edit-R - Transcription factors | 1529 | GC-005800-xx |
Human Edit-R - Tyrosine kinases | 85 | GC-003100-xx |
Human Edit-R - Ubiquitin enzymes | 650 | GC-006200-xx |
Mouse crRNA libraries - Set of 4 | # genes (approximate) | Catalog # |
Mouse Edit-R - Cell cycle regulation | 105 | GC-013200-xx |
Mouse Edit-R - Cytokine receptors | 158 | GC-014000-xx |
Mouse Edit-R - Deubiquitinating enzymes | 68 | GC-014700-xx |
Mouse Edit-R - Epigenetics | 729 | GC-016100-xx |
Mouse Edit-R - G protein-coupled receptors | 515 | GC-013600-xx |
Mouse Edit-R - Ion channels | 340 | GC-013800-xx |
Mouse Edit-R - Membrane trafficking | 113 | GC-015500-xx |
Mouse Edit-R - Nuclear receptors | 46 | GC-013400-xx |
Mouse Edit-R - Phosphatases | 273 | GC-013700-xx |
Mouse Edit-R - Proteases | 540 | GC-015100-xx |
Mouse Edit-R - Protein kinases | 715 | GC-013500-xx |
Mouse Edit-R- Transcription factors | 1440 | GC-015800-xx |
Mouse Edit-R - Tyrosine kinases | 85 | GC-013100-xx |
Mouse Edit-R - Ubiquitin enzymes | 591 | GC-016200-xx |