Edit-R tracrRNA
迅速かつ簡単なゲノム編集を行うために化学合成crRNAとともに用いる化学合成trans-activating CRISPR RNA
CRISPR-Cas9ゲノム編集における化学合成crRNA:tracrRNAアプローチでは、transfection-readyのRNAコンポーネントの使用により、複数遺伝子の複数標的部位を迅速に評価できます。
Please note:ヌクレアーゼ分解耐性の化学修飾の追加を反映するために、tracrRNAカタログ番号が変更されました。化学修飾tracrRNAは、非修飾tracrRNA(カタログ番号:U-002000-*)と同じアプリケーションに適しており、修飾または非修飾のEdit-R crRNAとともに使用できます。これらの安定化修飾は、Cas9 mRNAとの共エレクトロポレーションにのみ必要です。これらの変更について詳しくは、featured articleをご覧ください。
Edit-R tracrRNAは、公開されているS. pyogenesのtracrRNA配列(Jinek, 2012)を元にした配列を化学合成後にHPLCで精製した長鎖RNA分子です。DNA-free Cas9ヌクレアーゼとの共導入を使用するアプリケーションでパフォーマンスを向上させるために、ヌクレアーゼ耐性修飾が導入されています。Edit-R tracrRNAは、ゲノムDNAの標的部位と同一の20ヌクレオチドまたはprotospacerを持ち、それに続くtracrRNAと相互作用するのに必要なS. pyogenes反復配列で構成される化学合成Edit-R crRNAとともに使用します。
細胞に導入されると、crRNA:tracrRNAとCas9ヌクレアーゼとの複合体が、部位特異的なDNA二本鎖切断(DSB: double strand break)を生じます。DSBが非相同末端結合(NHEJ)を介して修復されると、結果として生じる小さな挿入および欠失(indel)がナンセンス突然変異を引き起こし、遺伝子破壊を引き起こし、機能的なノックアウトを引き起こす可能性があります。
Highlights
Dharmacon Edit-R CRISPR-Cas9化学合成crRNAプラットフォームは、天然のS. pyogenesシステムに基づいて、哺乳動物細胞でのゲノム編集に3つのコンポーネントを必要とします。
- Cas9ヌクレアーゼ:タンパク質、mRNA、またはCas9ヌクレアーゼをコードする哺乳動物コドン最適化遺伝子配列を発現するレンチウイルスベクター
- 化学的に合成されたtrans-activating CRISPR RNA (tracrRNA)
- 目的の遺伝子標的部位に合わせて設計された化学合成CRISPR RNA (crRNA)
crRNAとtracrRNA必要量
この表は、推奨されるcrRNA:tracrRNA作業濃度(25 nM:25 nM)を用いて、さまざまなプレート/ウェル形式でリピッドトランスフェクション法を実施できる概算の実験数を示しています。計算では、ピペッティングエラーは考慮されていません。
crRNAライブラリーの場合は、(ウェル数)x(nmol/well)の計算式で、必要なtracrRNAの概算量を決定します。例えば、100ウェルのライブラリー0.5 nmol/wellとすると、50 nmolのtracrRNAが必要になります。大規模なライブラリープロジェクトには、tracrRNAのバルクサイズをお薦めします。
crRNA nmol | tracrRNA nmol | 96-well plate 100 µL reaction volume | 24-well plate 500 µL reaction volume | 12-well plate 1000 µL reaction volume | 6-well plate 2500 µL reaction volume |
---|---|---|---|---|---|
2 | 2 | 800 | 160 | 80 | 32 |
5 | 5 | 2000 | 400 | 200 | 80 |
10 | 10 | 4000 | 800 | 400 | 160 |
20 | 20 | 8000 | 1600 | 800 | 320 |
Cas9ヌクレアーゼはcrRNA:tracrRNAによって誘導され、標的DNAを特異的に切断する
細胞に導入されると、crRNAおよびtracrRNAはCas9ヌクレアーゼと複合体を形成し、部位特異的な二本鎖DNA切断(DSB)を生成します。DNA DSBが非相同末端結合(NHEJ)を介して修復されると、結果として生じる小さな挿入および欠失(indels)により、ナンセンス突然変異およびタンパク質産物のトランケーション、または遺伝子ノックアウトを生成する停止コドンの導入が発生する可能性があります。
UPLC trace demonstrating excellent purity of Dharmacon Edit-R synthetic tracrRNA
UPLC(超高速液体クロマトグラフィー)分析: Dharmacon化学合成技術により日常的に高品質の70ヌクレオチド以上の精製RNAであるEdit-R tracrRNAが製造されています。crRNA:tracrRNAを用いてCas9ヌクレアーゼをリクルートするCRISPR-Cas9実験は、最適な活性のために優れた純度と配列忠実度(フィデリティ)に依存しています。使用機器:Acquity UPLC(Waters社)
準備時間を削減し、本来の実験に時間を費やすことができる
- M. Jinek, K. Chylinski, et al. A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Science. 337(6096), 816-821 (2012).
-
M.L. Kelley, M.L., Ž. Strezoska, et al. Versatility of chemically synthesized guide RNAs for CRISPR-Cas9 genome editing. J. Biotechnol. 233, 74–83 (2016). doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.011
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