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Mimix™ Geni™ Negative FFPE標準サンプル

Mimix™ Geni™ Negative FFPE 標準サンプルは、Mimix Geni Onco Mix 1 DNA/RNA FFPE  標準サンプル (HD852)に対応するネガティブコントロールです。本製品は、Medical Device Innovation Consortium（MDIC）が主導する体細胞リファレンスサンプル（Somatic Reference Samples: SRS）イニシアチブの一環として、MDICとの共同開発により作製されました。

mdic logo

Mimix Geni Negative FFPE標準サンプルは、最も広く検証・使用されている細胞株の一つである Genome in a Bottle（GIAB）コンソーシアム由来の親株 GM24385 を用いて作製されています。本製品は、MDICとの共同開発により作製された Mimix Geni Onco Mix 1 DNA/RNA FFPE標準サンプル (HD852) に対する、ワイルドタイプまたは対応するネガティブコントロールとして使用可能です。また、一般的なFFPEワークフロー管理としてもご利用いただけます。これにより、DNA抽出から解析までのエンドツーエンドのワークフローを包括的に検証することが可能となります。

主な特長
  • GIAB GM24385細胞株を使用 
  • HD852に組み込まれた7種類の変異について ネガティブであることを確認済み
  • 患者サンプルを模倣した FFPEフォーマットで提供、ワークフロー全体の検証に最適
  • HD852と組み合わせた希釈系列を作製することで、分子アッセイの検出限界（LoD）の評価に最適
  • HD852に対するネガティブコントロールとして使用可能

シーケンスデータおよび細胞株に関する公開情報をGenome in a Bottleで閲覧可能

Technical Product Information

Only DNA or RNA should be extracted at any one time. Using dual extraction kits is not recommended for this product.

Format: FFPE

Fixation method: 4% PFA (w/v)

Section size: 15µm

Cell density: 150 x 106 cells per block. Approx. 4.5 x 105 cells per section

Expected DNA yield: ≥400ng using Promega Maxwell RSC FFPE Plus DNA Extraction kit

Expected RNA yield: ≥100ng using Chemagic ™ CMG-1212

Genes covered: ERBB2, BRAF, EGFR, PDGFRA, FGFR3, TPM3-NTRK1 fusion, CCDC6-RET fusion.

Allelic frequencies: 0.00% for ddPCR-verified variants

Verified mutations:

Chromosome Gene Variant Variant Type Expected Allelic
Frequency (%)
Chr17 ERBB2 V659E MNV 0.00%
Chr7 BRAF V600E SNV 0.00%
Chr7 EGFR A763_Y764insFQEA INDEL 0.00%
Chr4 PDGFRA I843del/ I843_D846del INDEL 0.00%
Chr4 FGFR3 S249C SNV 0.00%
Chr1 TPM3-NTRK1 Fusion Fusion 0.00%
Chr10 CCDC6-RET Fusion Fusion 0.00%

 

General information

Storage: 4°C

Shipping: Ambient

Expiration: See all product shelf life information

 

Quality control

Allelic frequency: Droplet Digital™ PCR

DNA Quantification: Quantifluor®

DNA Integrity: Agarose Gel electrophoresis

RNA Quantification: Qubit® RNA HS Assay (Thermo Fisher Scientific)

RNA Integrity: DV200 ≥65% using TapeStation High Sensitivity RNA ScreenTape Assay (Agilent)

Manufacturing Quality: ISO 13485

Intended Use: For research use only. Not for use in diagnostic procedures.